Protocol for the assessment of the impact of mycotoxins and glyphosate residues on the gut microbiome and resistome of European fallow deer.
STAR Protoc · 2026 · 7:104498 · PMID 41966829 · 등급8 기타 원저 · 비발암 건강영향 > 장내미생물 · 미생물
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본 연구에서는 독소에 노출된 휴경 사슴의 장내 내용물 박테리오옴을 기술하기 위한 프로토콜을 제시하였다. 본 프로토콜은 액체 크로마토그래피-질량 분석법을 이용하여 분변 내 아플라톡신(deoxynivalenol, zearalenone, fumonisin B1, 및 aflatoxin B1) 수준과 혈청 중 글리포세이트를 측정하는 단계를 기술한다. 이어서 독소 수준과 연관된 박테리오옴 및 레지스톰 분석과 메타게놈 조립 세균 게놈 구축을 위한 짧은 읽기 샷건 DNA 시퀀싱 기반 생물정보학 파이프라인을 상세히 설명하였다. 본 프로토콜은 향후 독소 수준 관련 메타게놈 연구에 잠재적인 응용 가능성을 가진다. 이 프로토콜의 사용 및 실행에 대한 완전한 세부 사항은 Tóth 등$^{1}$을 참조하시기 바란다.ORIGINAL ABSTRACT
Here, we present a protocol to describe the bacteriome of the intestinal content of toxin-exposed fallow deer. We describe steps for measuring fecal mycotoxin (deoxynivalenol, zearalenone, fumonisin B1, and aflatoxin B1) levels using liquid chromatography-mass spectrometry, as well as serum glyphosate. We then detail a short-read shotgun DNA sequencing-based bioinformatic pipeline for the toxin level-associated analysis of the bacteriome and resistome and the construction of metagenome-assembled bacterial genomes. This protocol has potential applications in further toxin level-associated metagenome studies. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Tóth et al.1.| 저자 | Tóth, A. G.; Paholcsek, M.; Solymosi, N.; Stágel, A.; Gömbös, P.; Posta, K.; Lakatos, I.; Nagy, S. Á.; Ferenczi, S.; Szőke, Z. |
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| 저널 | STAR protocols |
| 권·호·쪽 | 7(2), 104498 |
| PMID | 41966829 |
| DOI | 10.1016/j.xpro.2026.104498 |
| MeSH | Animals; Glyphosate; Mycotoxins; Glycine; Deer; Gastrointestinal Microbiome; Feces; Metagenome; Computational Biology; Shotgun Sequencing; Chromatography, Liquid |